EPISÓDIO 11 "GOLPES QUENTES - ARMAZÉM"
Segundo eles, os espécimes maiores canalizavam o sinal da Máquina e o transmitiam para os menores. Com isso, Santos acha que os pesquisadores devem ter encontrado a Máquina voltando à fonte, graças aos hotspots do Nexus. Isaac terá, portanto, que entrar no Nexus para estimular esses famosos hotspots. Santos tenta passar por um sistema térmico para descongelar o monstro, mas não faz nada. De repente, Clarke tentará encontrar uma maneira de reiniciar a sala das caldeiras que fica no telhado e, assim, reativar o circuito térmico. À sua direita é uma bancada de trabalho apenas no caso. Em seguida, siga a direção indicada pelo plotter. Você encontrará um provador onde a roupa de Arqueólogo já está disponível. Pegue o elevador e, uma vez no topo, vá para a escada à esquerda para subir nela. Livre-se dos três Wasters que bloqueiam o caminho, depois refaça seus passos para descer a mesma escada. Ao lado do elevador que você passou há uma pequena caixa que contém uma bateria. Tire o último de sua localização com telecinese, antes de lidar com os outros Necromorphs (Wasters e Leapers principalmente) que correm em sua direção. Uma vez que todas essas pessoas bonitas sejam eliminadas, passe a bateria pela porta entreaberta que fica na direção de onde os Necromorphs chegaram. Em seguida, siga a rota indicada pelo plotter. Depois de descer a escada, coloque a bateria em seu novo local e ative a sala da caldeira. Saia da estação pela porta entreaberta que agora funciona corretamente e lide com os Necromorphs esperando do lado de fora. Em seguida, pegue o elevador e siga as indicações do plotter. Obviamente, o circuito térmico é alimentado, mas o Nexus não descongela. Na verdade, o mecanismo está bloqueado devido à geada, e Isaac propõe ajustar a pressão dos tubos para resolver o problema. Ative a máquina pressionando o interruptor e, em seguida, use a telecinese (em ordem) na alavanca #4, alavanca #3, alavanca #1, alavanca #3, alavanca #2, alavanca n°3, alavanca n°4, alavanca n°1 e alavanca nº 2. Não perca tempo passando de uma alavanca para outra, caso contrário você terá que começar a manobra desde o início. Em seguida, pressione o interruptor novamente. A temperatura no interior começa a subir, e Santos diz a Isaac que os Necromorfos estão transmitindo sinais dos Monólitos. Assim, os pesquisadores projetaram um detector de sinal para encontrar a Máquina. O detector em questão foi destruído, mas Santos tem em seu poder um diagrama que permite construir outro.
Vá ver Santos seguindo o traçador, para que ela lhe dê o diagrama. Você deve ir ao armazém científico para recuperar as várias peças e, assim, construir o detector. Santos comunica as coordenadas do famoso armazém ao Isaac, bem como os códigos de acesso. Norton então pergunta a Isaac e Ellie como eles planejam controlar a Máquina se a encontrarem. Clarke responde que o Almirante Graves falou de um Codex que controlaria precisamente a Máquina. Ellie acrescenta que descriptografou várias mensagens do Conde Serrano e que, segundo ele, uma certa Rosetta seria capaz de forjar o Codex. Continue indo até chegar não ao primeiro, mas ao segundo elevador. Uma vez no topo, enfrente os três Stalkers esperando por você do lado de fora. A melhor maneira de se livrar deles é forçá-los a sair de seu esconderijo, para que eles se apressem em você. Como resultado, você pode usar Stasis para executá-los melhor depois. Continue seguindo em frente e você encontrará mais dois Stalkers. Então, entre na estação e siga em frente (use um Dynabarre se você tiver um em estoque, para destrancar uma porta que está na grande sala que você está passando) até chegar à saída. Lá, você verá caixas atrás das quais vários Stalkers estão escondidos. Fique no canto à direita e observe cada movimento deles. Espere que eles carreguem para dar-lhes uma dose de Stasis e eliminá-los. Em seguida, siga as instruções do plotter e destrave a porta cuidando do painel EEI (Electrical Engineering Interface). Siga a direção indicada pelo traçador e colete as duas primeiras partes do detector que você não pode perder, depois de descer a escada. Suba, vá para a direita para ver uma alavanca que você pode ativar com telecinese. Uma gaiola na qual está a terceira e última peça começa a subir. Vá buscá-lo, então refaça seus passos para onde você enfrentou o exército Stalker. Siga o rastreador, mas primeiro você terá que enfrentar a Besta da Neve, que parece não querer soltá-la. Use a mesma técnica de quando você o derrotou pela primeira vez: primeiro mire nos tentáculos dele, depois nas três bolas vermelhas colocadas perto de suas mandíbulas. Novamente, Stasis é um aliado valioso para se livrar dele sem muita dificuldade. Mais uma vez, a Besta da Neve decide fugir. Isaac Clarke se oferece para ir ao arsenal porque alguém deixou sinais lá recentemente. Esta é a terceira missão opcional do jogo, que permite que você coloque as mãos em bastante material para inventário, desde que proteja os estoques de munição dos homens de Danik. Siga seu rastreador até encontrar três enxames. Um quarto virá correndo com uma granada nas mãos. Continue até onde você destruiu a broca: um pequeno grupo de Necromorphs está esperando por você lá. Cuide deles e retome sua jornada pelo elevador. Uma vez no topo, alguns enxames e um Puker bloquearão seu caminho. Mate-os e continue seu caminho. Pare na bancada para construir o famoso detector, equipe-se com uma arma poderosa com uma cadência de tiro decente e junte-se aos outros perto do Nexus.
EPISÓDIO 12 "AUTOPSIA - ARMAZÉM DE DISSECÇÃO"
Como o rastreador lhe diz, vá para a direita para ativar o primeiro arpão. Uma vez enganchado, use a telecinese para abrir a parte esquerda da barriga do Nexus. Claro, repita a operação do outro lado. Santos pede a Isaac para guiar a gaiola, mas Norton está com muito medo de entrar na barriga do Nexus. Então, Clarke decide ir. Santos diz a Isaac o que fazer. Na verdade, tudo o que você precisa fazer é equipar-se com o lançador de sondas e procurar os pontos de acesso. O lançador da sonda deve emitir um sinal assim que alguém se aproxima de um dos pontos nevrálgicos. Você deve então disparar para recuperar o sinal e assim localizar a Máquina. O rastreador, portanto, não tem utilidade no corpo do Nexus, e só é necessário mirar com o lançador de sonda. Saia da gaiola e vá para a direita. Ouça com atenção e assim que ouvir um sinal cada vez mais forte, levante a cabeça para ver a primeira sinapse. Atire e refugie-se imediatamente na gaiola selecionando sua segunda arma. O corpo da fera começa a se mover. Um exército de Alimentadores está avançando em sua direção. Atire na pilha usando Stasis. Obviamente, o sinal não foi forte o suficiente para Santos localizar a Máquina. Então equipe-se com seu lançador de sondas, saia da gaiola indo para a esquerda e ouça. Olhe para cima e você verá a segunda sinapse. Atire, mas não vale a pena se esconder na jaula desta vez porque nenhum monstro vem. Santos diz que o sinal foi amplificado, mas uma terceira tentativa é necessária para localizar corretamente a Máquina. Vá para a esquerda como da vez anterior, continue avançando até que o sinal se intensifique e atire na terceira sinapse. Em seguida, corra para se esconder na gaiola, mas ao longo do caminho, Isaac está alucinando. Continue em direção à gaiola, então atire na pilha de Alimentadores que chegam. Desta vez, Santos conseguiu localizar a Máquina mesmo que a análise demore um pouco. Aparentemente, há um acesso mais alto em outro local de perfuração. Ellie e Santos correm para preparar o equipamento de escalada, enquanto Norton se encarrega de tirar Isaac. Bem, é nisso que Ellie acredita porque Norton decide deixar Isaac trancado na jaula.
Abra este último com telecinesia e siga a direção indicada pelo traçador. Uma vez do lado de fora, Danik e seus homens o emboscam e o capturam junto com Carver e Norton. Este último os traiu desde o início, o que explica por que Danik conseguiu encontrar seu rastro em Tau Volantis. Norton pensou que Danik lhe daria um navio em troca, mas isso acabou. E assim que Danik estava prestes a executar Norton, Isaac corre para ele enquanto Carver cuida dos outros. Elimine os Unitologistas que vêm salvar Danik. De repente, o Nexus irrompe e suga os homens de Danik que têm tempo de fugir em seu navio. A luta acontece em duas fases. Durante a primeira fase, o monstro coloca grandes garras que Isaac pode desviar rolando, e cospe Alimentadores que correm em sua direção. O mais eficaz é destruir os ovos antes que tenham tempo de eclodir, e mesmo que não seja possível remover todos, pelo menos reduz o número de Alimentadores. Elimine-os, mantendo um olho no Nexus, que deixa seu ponto fraco aparecer bem destacado de tempos em tempos. Depois de atirar o suficiente, o Nexus começa a sugar qualquer coisa na frente de sua boca, e você precisa apontar para o tipo de núcleo laranja para não ser mordido. Repita a manobra até que todos os núcleos fiquem vermelhos. O Nexus então sugará Clarke para sempre, e nosso herói acabará no corpo do monstro. Nesta segunda fase, Isaac nada nos sucos gástricos da fera e, novamente, deve apontar para manchas laranja que representam os pontos fracos finais do Nexus. Esses pontos lançam mísseis que você deve tomar cuidado para não desperdiçar energia estupidamente. Se você tiver problemas para evitá-los, você sempre pode atirar neles. Uma vez que a tarefa é concluída, você é expulso do corpo do Nexus e se encontra ao lado de Carver e Norton, que se permite fazer birra. Ele fica cada vez mais ameaçador, e Isaac não tem escolha a não ser colocar uma bala em sua cabeça.